Trong mối quan hệ với Đảng, Đoàn Thanh niên có vị trí đặc biệt quan trọng. Đó là mối quan hệ khăng khít mang tính tất yếu khách quan và là mối quan hệ biện chứng. Đảng lãnh đạo công tác thanh niên và trực tiếp lãnh đạo, chỉ đạo Đoàn TNCS Hồ Chí Minh. Xây dựng Đoàn vững mạnh là nội dung quan trọng trong công tác xây dựng Đảng. Mặt khác, Đoàn là nơi bổ sung nguồn sinh lực mới cho Đảng, giúp Đảng trẻ hóa đội ngũ, nâng cao năng lực lãnh đạo và sức chiến đấu. Đảng vững mạnh là nhân tố quyết định lãnh đạo đoàn thanh niên có hiệu quả. Trong thời kỳ đổi mới, Đảng coi việc xây dựng Đoàn thanh niên vững mạnh chính là xây dựng Đảng trước một bước.Trong những năm qua, Đảng ủy bộ phận trung tâm Kiểm soát bệnh tật luôn nêu cao vai trò của mình trong Công tác lãnh đạo, chỉ đạo của Đảng ủy đối với công tác đoàn và phong trào thanh niên.
Trong nhiệm kỳ 2020-2025, Đảng ủy bộ phận Trung tâm Kiểm soát bệnh tật đã chỉ đạo việc củng cố, kiện toàn bộ máy tổ chức đoàn thanh niên và cán bộ tham mưu quản lý về công tác thanh niên. Hàng năm, Đảng ủy luôn có các buổi làm việc với Ban Chấp hành Chi đoàn để nắm bắt tình hình, tư tưởng, nguyện vọng của đoàn viên, thanh niên. Trao đổi thống nhất với Ban Chấp hành Chi đoàn trước khi cử đoàn viên tham gia các lớp bồi dưỡng nhận thức về Đảng, khi thực hiện quy trình xem xét kết nạp đảng viên mới; tạo điều kiện thuận lợi để đảng viên trong độ tuổi đoàn được tham gia sinh hoạt đoàn đầy đủ theo quy định. Bên cạnh đó, Đảng bộ cũng chỉ đạo đoàn thanh niên đổi mới nội dung, phương thức hoạt động để nâng cao chất lượng hoạt động của Chi đoàn, với trọng tâm là xung kích thực hiện cải cách hành chính, đổi mới tác phong làm việc, thực hành tiết kiệm, chống lãng phí. Động viên đoàn viên, thanh niên thi đua hoàn thành tốt nhiệm vụ chính trị của cơ quan. Tạo điều kiện về thời gian, con người và kinh phí cho mọi hoạt động phong trào của Đoàn thanh niên.
Bên cạnh đó, Đảng ủy luôn quan tâm, chọn, cử nhiều lượt viên chức là đoàn viên, thanh niên đi đào tạo, bồi dưỡng theo các lĩnh vực về chuyên môn y tế, hội nhập quốc tế, chính trị, quản lý hành chính nhà nước, ngoại ngữ, tin học, tạo điều kiện về mặt thời gian, hỗ trợ về tài chính theo quy định cho đoàn viên, thanh niên. Việc chọn, cử viên chức tham gia các khóa học cũng được đổi mới, phù hợp với vị trí việc làm và quy hoạch cán bộ, gắn với nhu cầu sử dụng cán bộ và thực tiễn của đơn vị. Nhờ đó, trình độ các mặt của đội ngũ đoàn viên, thanh niên không ngừng được tăng cường, đáp ứng các yêu cầu nhiệm vụ được giao. Đồng thời sắp xếp, phân công nhiệm vụ cho viên chức là đoàn viên, thanh niên một cách hợp lý, phát huy được năng lực sở trường, tính chủ động, sáng tạo trong công việc được giao. Các đoàn viên được tin tưởng phân công giao mọi mặt công tác của đơn vị phù hợp với năng lực, sở trường và lĩnh vực đào tạo, bồi dưỡng của từng đồng chí. Đây là một sự thử thách nhưng cũng thể hiện sự tin tưởng của Đảng ủy, Lãnh đạo Trung tâm đối với đoàn thanh niên.
Qua đó, tạo điều kiện tối đa để đoàn viên được bày tỏ quan điểm hay suy nghĩ cá nhân, phát huy tính chủ động, tính độc lập sáng tạo và tính tự chịu trách nhiệm của mỗi đoàn viên, thanh niên. Chính điều này tạo nên môi trường làm việc thân thiện, minh bạch, tạo động lực làm việc, phát huy sáng tạo và trí tuệ cá nhân trong sức mạnh tập thể. Xây dựng đội ngũ đảng viên nói chung và chăm lo công tác phát triển đảng viên mới nói riêng là một trong những nhiệm vụ quan trọng trong công tác xây dựng tổ chức cơ sở Đảng. Từ nhận thức trên, những năm qua, Đảng ủy và Ban lãnh đạo luôn quan tâm bồi dưỡng, kết nạp các đoàn viên, thanh niên ưu tú được đứng trong hàng ngũ Đảng để tạo môi trường phấn đấu cho các đoàn viên, thanh niên trẻ. Trong nhiệm kỳ đã có 11 đoàn viên ưu tú được kết nạp Đảng.
Các hoạt động của Chi đoàn đã có bước chuyển biến theo tính thiết thực, phát huy tốt vai trò của tổ chức đoàn trong giáo dục, đoàn kết và đồng hành với thanh niên. Bên cạnh việc tham gia tích cực mọi hoạt động phong trào do Đoàn thanh niên ngành Y tế phát động, Chi đoàn đã có sự đổi mới sáng tạo, thiết thực, gắn hoạt động đoàn với công tác chuyên môn, nghiệp vụ, nhằm phát huy tốt nhất năng lực của tuổi trẻ.Chi đoàn cũng chủ động phối hợp với tổ chức Công đoàn để thực hiện nhiều hoạt động phong trào của cơ quan, đơn vị như các hoạt động an sinh xã hội, vì cuộc sống cộng đồng; phong trào cơ quan đơn vị Xanh – Sạch – Đẹp, Phong trào Đoàn viên thanh niên tham gia tiếp sức người bệnh tại Phòng khám đa khoa đơn vị, tham gia các phong trào văn hóa văn nghệ, thể dục thể thao...Đây thực sự là những hoạt động bổ ích, lành mạnh giúp các đoàn viên, thanh niên được rèn luyện, phấn đấu, trưởng thành, xây dựng tình đoàn kết, biết chia sẻ, động viên nhau cùng tiến bộ.
Nơi nào có Đảng quan tâm thì ở đó tổ chức Đoàn sẽ mạnh, đội ngũ cán bộ Đoàn sẽ tâm huyết nhiệt tình với phong trào. Để tạo điều kiện cho tổ chức đoàn thanh niên hoạt động có hiệu quả, phát huy vai trò của thanh niên, thời gian tới Đảng ủy bộ phận Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tiếp tục định hướng các hoạt động phong trào, các chương trình phát triển cộng đồng. Các đoàn thể phải thực hiện đúng các chủ trương, nghị quyết của Đảng và chính quyền. Đồng thời tổ chức tuyên truyền, vận động quần chúng, giáo dục chính trị, tư tưởng cho quần chúng, khơi dậy tinh thần yêu nước, đoàn kết, đồng thời cổ vũ quần chúng tham gia các phong trào thi đua yêu nước và xây dựng đời sống văn hóa ở cơ sở.
Đảng bộ thường xuyên bồi dưỡng, đào tạo cán bộ kiêm nhiệm trong các đoàn thể, giúp họ nâng cao năng lực lãnh đạo, tổ chức và triển khai các hoạt động cho quần chúng, đồng thời tạo sự liên kết chặt chẽ giữa các đoàn thể và tổ chức Đảng. Luôn kết hợp công tác giáo dục truyền thống, ý thức cảnh giác cách mạng, ý thức tổ chức kỷ luật và tinh thần đoàn kết, giúp đỡ, tương thân tương ái trong cán bộ, viên chức, người lao động. Tổ chức các hoạt động nâng cao đời sống vật chất và tinh thần của cán bộ, viên chức, người lao động trong đơn vị ở từng tổ chức đoàn thể, bảo vệ lợi ích chính đáng của cán bộ.
