Sở Y tế Bắc Ninh được tổ chức theo Quyết định số 587/QĐ-UBND ngày 31 tháng 12 năm 2025 của Ủy ban nhân dân tỉnh Bắc Ninh. Cơ cấu tổ chức bao gồm các phòng chuyên môn, nghiệp vụ, các chi cục trực thuộc và các đơn vị sự nghiệp công lập.
1. Lãnh đạo Sở
Ban lãnh đạo Sở Y tế Bắc Ninh bao gồm Giám đốc và các Phó Giám đốc theo quy định.
2. Phòng chuyên môn, nghiệp vụ và tương đương thuộc Sở: 08 phòng
Sở Y tế có 08 phòng chuyên môn, nghiệp vụ và tương đương, bao gồm:
- Văn phòng Sở
- Phòng Bảo trợ và phòng, chống tệ nạn xã hộiPhòng Kế hoạch tổng hợp
- Phòng Nghiệp vụ Dược
- Phòng Nghiệp vụ Y
- Phòng Quản lý hành nghề
- Phòng Tài chính kế toán
- Phòng Tổ chức cán bộ
3. Chi cục trực thuộc Sở: Có 02 chi cục trực thuộc:
- Chi cục An toàn thực phẩm
- Chi cục Dân số và trẻ em
4. Đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở: 35 đơn vị
- Bệnh viện Đa khoa Bắc Ninh số 1
- Bệnh viện Đa khoa Bắc Ninh số 2
- Bệnh viện Da liễu
- Bệnh viện Mắt
- Bệnh viện Nội tiết Bắc Ninh
- Bệnh viện Phổi Bắc Ninh số 1
- Bệnh viện Phổi Bắc Ninh số 2
- Bệnh viện Phục hồi chức năng Bắc Ninh
- Bệnh viện Sản - Nhi Bắc Ninh số 1
- Bệnh viện Sản - Nhi Bắc Ninh số 2
- Bệnh viện Sức khỏe Tâm thần Bắc Ninh số 1
- Bệnh viện Sức khỏe Tâm thần Bắc Ninh số 2
- Bệnh viện Ung bướu Bắc Ninh
- Bệnh viện Y học cổ truyền Bắc Ninh
- Bệnh viện Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng Bắc Ninh
- Cơ sở Bảo trợ xã hội tổng hợp Bắc Ninh
- Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Bắc Ninh
- Trung tâm Pháp y Bắc Ninh
- Trung tâm Y tế các khu công nghiệp Bắc Ninh
- Bệnh viện Đa khoa Yên Dũng;
- Bệnh viện Đa khoa Gia Bình;
- Bệnh viện Đa khoa Hiệp Hòa;
- Bệnh viện Đa khoa Lạng Giang;
- Bệnh viện Đa khoa Lục Nam;
- Bệnh viện Đa khoa Lục Ngạn;
- Bệnh viện Đa khoa Lương Tài;
- Bệnh viện Đa khoa Quế Võ;
- Bệnh viện Đa khoa Sơn Động;
- Bệnh viện Đa khoa Tân Yên;
- Bệnh viện Đa khoa Thuận Thành
- Bệnh viện Đa khoa Tiên Du;
- Bệnh viện Đa khoa Từ Sơn;
- Bệnh viện Đa khoa Việt Yên;
- Bệnh viện Đa khoa Yên Phong;
- Bệnh viện Đa khoa Yên Thế
Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ, các chi cục và các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc đều có cấp trưởng và cấp phó theo quy định. Quyết định này có hiệu lực kể từ ngày 01/01/2026 thay thế Quyết định số 08/QĐ-UBND ngày 01/7/2025 của UBND tỉnh về cơ cấu tổ chức của Sở Y tế. Giám đốc Sở Y tế chịu trách nhiệm triển khai, thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn các phòng chuyên môn, nghiệp vụ và các đơn vị trực thuộc theo quy định; thực hiện bố trí, sắp xếp đội ngũ công chức, viên chức, người lao động theo quy định của pháp luật và phân cấp quản lý của Ủy ban nhân dân tỉnh.